Hab mich heute an den Support gewandt und auch gleich von Herrn Keppler eine tolle Antwort gekriegt. Denke mal er ist einverstanden wenn ich hier seine Antwort auszugsweise veröffentliche 
Zitat
manuelle nginx-Anweisungen können Sie aktuell in einer Datei namens ~/conf/nginx.conf ablegen (z.B. also /var/www/###/conf/nginx.conf) eintragen.
Schreiben Sie da einfach die Anweisungen hinein und lassen Sie anschließend durch LiveConfig die NGINX-vHost-Konfiguration aktualisieren (dazu reicht es im LiveConfig unter "Hosting" -> "Domains" irgendeine (Sub)Domain anzuklicken und in dem erscheinenden Popup-Fenster einfach wieder auf "speichern" zu klicken).
LiveConfig erzeugt somit die vHost-Konfiguration neu, erkennt dabei dass die ~/conf/nginx.conf vorhanden ist und nimmt diese per "include" mit auf.
sprich in meinem Fall:
1.) nano /var/www/DEINFOLDER/conf/nginx.conf
2.) Einfügen von
location / {
try_files $uri $uri/ /index.php?$args;
}
location ~* \.(js|css|png|jpg|jpeg|gif|ico)(\?ver=[0-9.]+)?$ {
expires 1y;
}
3.) Öffnen der Liveconfig Seite --> Hosting --> Domains --> Domain öffnen und wieder speichern klicken
Nach einem Reboot sind die Einstellungen noch da!
Vielen Dank für die Hilfe!