So etwas darf eigentlich nicht passieren. Gibt's Auffälligkeiten in /var/log/liveconfig/liveconfig.log (bzw. lcclient.log)? War die /etc/logrotate.d/liveconfig *komplett* leer, oder nur ohne vHosts?
Die Frage hat sich erledigt - wir haben den Fehler gefunden. Für die Rotation der LiveConfig-eigenen Dateien (/var/log/liveconfig/*) wurden auch Regeln angelegt, was dazu führen konnte, die bestehende logrotate-Datei zu überschreiben. Wird eben behoben, und während des Upgrades wird die logrotate-Datei dann neu erzeugt.