Mogwais, kannst Du mal erklären, was da genau Dein Problem ist? Ich verstehe es irgendwie nicht.
Apps werden in einem Ordner unterhalb des Webroots installiert. Normale Nutzung ist damit nicht mehr möglich.
Szenarien wie http://www.domain.de/wordpress und gleichzeitig http://www.domain.de/shop usw sind so nicht zu realisieren. Das würde höchstens über Subdomains funktionieren.
Also bleibt bei sowas grundsätzlich Handarbeit angesagt.
Hier wurde leider ein Weg gewählt der vollkommen unüblich ist, Cpanel und Co haben ihren Appinstaller in der Hinsicht nutzerfreundlicher gestaltet.