Es geht hier ja letztendlich nur um das Session-Cleanup-Script /usr/lib/liveconfig/cron.php.sh
Wir gehen dabei davon aus, dass auf dem Server das Paket "php-cli" installiert ist, welches die Datei /usr/bin/php bereitstellt.
Ab Ubuntu 16 und Debian 9 ist "php-cli" ein virtuelles Paket, das auf "php7.0-cli" verweist.
Das cron.php.sh ist eigentlich darauf ausgelegt, mit dem jeweiligen "System"-PHP-CLI ausgeführt zu werden. Wenn das System-Paket (php7.0-cli) nicht installiert ist, dann erzeugt LiveConfig auch keinen "/conf/php7"-Pfad, was dann zu Fehlern mangels richtiger php.ini führt.
Wer also manuell die /usr/bin/php umbiegt, wird zwangsläufig auch das cron.php.sh-Script anpassen oder ersetzen müssen.
"Unsere" PHP-Pakete werden übrigens demnächst überarbeitet, so dass diese sich "alleine" bei LiveConfig registrieren (ohne addPHP()-Aufruf in der custom.lua). Da werden dann auch die CLI-Binaries registriert, und die können dann auch vom cron.php.sh-Script verwendet werden.