Nein, mit der 3.2.x hat das nichts zu tun, die Diagnosefunktionen sind in der 3.1.4 und zum Teil in 2.18.10 auch schon enthalten.
Jedes mal wenn die Meldung "An internal server error has occured" auftaucht, wird eine Meldung im liveconfig.log protokolliert - die wäre in dem Zusammenhang wichtig.
Dem Gesamtbild nach gibt es aber vermutlich ein Problem in der Kunden- oder Accountstruktur. Wenn Sie nochmal auf 3.x aktualisieren, führen Sie danach in der Shell bitte mal den Befehl liveconfig --db-check aus. Den Output schicken Sie uns gerne mal an support@liveconfig.com. Mit liveconfig --db-repair können die Daten größtenteils korrigert/repariert werden (aber am besten erst nach Rücksprache mit uns).
LiveConfig 3 ist wesentlich sensibler was die Datenstruktur betrifft (dafür werden die Berechtigungen über alle Reseller-Ebenen hinweg nun korrekter durchgeprüft). Häufig haben sich durch Datenbankeingriffe mal leicht defekte Strukturen gebildet, die LiveConfig 2.x praktisch ignoriert, 3.x aber nicht.