Ich denke, ich weiß inzwischen wie das Problem entsteht. Und zwar passiert es immer dann, wenn Liveconfig viele Zertifikate auf einmal erneuern will - dann kommt es zu Timing-Problemen.
Das "Problem" ist, dass Liveconfig für jede einzelne Änderung die webx.conf neu schreibt. Pro SSL-Zertifikat sind das 2 Änderungen (einmal für die Domain mit www und einmal für die ohne). Werden jetzt z.B. 10 Zertifikate auf einmal erneuert dauert es bei einer "Schreibezeit" von 2-3 Minute pro webx.conf also minimum 20 Minuten, eher mehr, bis der Apache sämtliche für die Veränderung erforderlichen Config-Änderungen überhaupt erst zur Verfügung hat. Selbst mit meinem deutlich verlängerten RELOAD.min bzw. RELOAD.max fallen dann welche hintenrüber, weil bei den Domains die Konfiguration für das ACME-Challenge halt noch nicht geschrieben ist.
Ich könnte nun also entweder die Zeit nochmal deutlich verlängern (das würde theoretisch gehen, an der Config ändert sich ansonsten so häufig auch nichts, nur halt gerade dann ist es nervig so lang warten zu müssen), ich könnte einstellen, dass nie mehr als 2-3 Zertifikate auf einmal verlängert werden (das geht aber IMHO derzeit nicht) oder aber Liveconfig müsste dazu gebracht werden, die Config nicht für jede Änderung neu schreiben zu müssen (bei manuellen Änderungen kann ich das ja nachvollziehen, dass das erforderlich ist, aber bei solch Dingen wie Zertifikatsverlängerungen weiß LE doch dem Grunde nach, dass da jetzt x Änderungen aufeinmal kommen - warum werden diese Änderungen dann nicht auch auf einmal in die Config geschrieben?)
Daneben suche ich noch einen Weg, die Apache-Config zu verschlanken - ich nutze Liveconfig nur als Verwaltungs-Tool für mich selber, aus der Config könnte also allerhand entfernt werden, weil ich es gar nicht nutze (die Einträge für mod_php z.B. oder mod_compat und was da sonst noch so standardmäßig drin ist). Ich vermute mal damit liesse sich das Problem auch deutlich entschärfen. Vermutlich muss ich dafür irgendeine .lua-Funktion überschreiben, nur geht das ohne Nebenwirkungen?