Wer sich etwas tiefer mit Control Panels, Shared Hosting und FPM beschäftigt wird feststellen, dass FPM und insbesondere Caching (nicht nur Opcache, sondern auch APC) hierbei ein ernstzunehmendes Problem darstellen. Es gibt Control Panels, denen das völlig Schnuppe ist - LiveConfig zählt nicht dazu.
Die Alternative dazu ist, für jeden Benutzer einen komplett eigenen PHP-FPM-Prozess (und nicht nur einen eigenen Pool) zu erstellen.
Ob das den Aufwand Wert ist, sei dahingestellt.
Ansonsten - mal wieder - vielen Dank für die detailreichen Ausführungen!