Das ist Quatsch und zeigt, wie wenig Du Dich mit Deinem System beschäftigt hast.
LiveConfig fässt die systemeigenen PHP.ini-Dateien nicht an. Wenn du auf der Shell php -i oder php(5)-cgi -i eingibst und nach php.ini grepst, erscheinen ini-Dateien, die LC nie anfasst und schon gar nicht modifiziert (die für die Shell wird aber sehr wohl für den Wizzard herangenommen).
Ich sehe darin keinen Widerspruch und es zeigt, wie wenig Du Dich mit mit meiner Antwort auseinandergesetzt hast. Die systemeigenen php.ini-Dateien entsprechen dem Standard und wurden nicht modifiziert und der restliche Teil wird von LiveConfig verwaltet.
tendenziell sehr eindeutig in einem verkorksten, halbgewarteten System für das nur Du zuständig bist. Da LC den Vorworf zu machen ist nicht angebracht, denn Du solltest Dein eigenes System schon selbst im Griff haben.
Kann man Dich eigentlich buchen? Oder zumindest Deine Glaskugel?