an der Konfiguration wurde nichts angepasst, wenn LiveConfig/Dovecot den Pfad ändert, bin ich bisdato davon ausgegangen das die komplette Konfiguration auch angepasst wird.
Ganz ohne automatische Migration wird das bei vielen zu Problemen führen. Wenn die Mails nach dem Umziehen nach $/Maildir wieder erreichhbar waren und zusätzlich (danach) der Parameter in der /etc/dovecot/passwd angepasst wurde, klingt eher danach, dass der Parameter in der passwd gar nicht mehr benutzt wird.
Da gab es sicherlich mit Dovecot 2.4 noch eine Umstellung die bislang übersehen wurde. Und das sollte schnellstmöglich aufgeräumt werden, sonst wird es hinterher komplizierter den alten Standard wiederherzustellen.