Gibt schon Szenarien in denen das Sinnvoll wäre. Zumal es auch noch SSL abseits von Let's Encrpyt (verwaltet via LC) gibt.
Eine Varnish/Hitch Konstellation (als Frontend) muss man halt immer mit einer extra IP im LC lösen, da LC die Vhosts nur mit 80/443 publiziert.
Ein von LC konfigurierter Apache auf 8080/8443 wäre da schon praktisch. Man kann's mit internen IP's lösen, nimmt sich damit aber auch die Möglichkeit Seiten über die public IP zu testen.
Zudem wäre es auch praktisch wenn man (ähnlich wie bei CFX/Plesk usw) Schalter mit httpd konfigurierbaren Optionen je Domain/Account hätte. Beispielsweise für die Konfiguration der .httpd.conf im Userverzeichnis. Als Beispiel nenne ich mal ModSecurity AN/AUS , und die Entscheidung dann dem Kunden zu überlassen.