Wieso so kompliziert? Die Extension muss einfach nur zuerst geladen werden, ergo sieht eine Konfiguration in LC wie folgt aus:
Name: zend_extension
Typ: Erweiterung
Wert (zBsp): /usr/lib/php5/20121212/ioncube_loader_lin_5.5.so
Lade-Reihenfolge: 1
PHP Version: ≥ 5.5 , < 5.6
Name: zend_extension
Typ: Erweiterung
Wert (zBsp): /usr/lib/php5/20121212/ioncube_loader_lin_5.6.so
Lade-Reihenfolge: 2
PHP Version: ≥ 5.6 , < 5.7
usw usw
Wichtig ist nur, dass die Ladereihenfolge aller anderen "extensions" größer ist als die der Ioncube Loader.
Wir nutzen mittlerweile gar keine globale php.ini mehr sondern verwalten sämtliche Einstellungen über LC, funktioniert wunderbar.