Ich konnte das Problem etwas eingrenzen: wenn ich per admin das Zertifikat anfordere, kommt auch bei einer komplett jungfräulichen Domain ein
Code
[2016/01/14 10:43:00.536966] [32709|32712] [LUA] LC.exec(/usr/sbin/a2ensite web48.conf): program output: Site web48.conf already enabled
[2016/01/14 10:43:10.979909] [32709|32711] [LUA] LC.exec(/etc/init.d/apache2 reload): program output: Reloading web server config: apache2.
[2016/01/14 10:45:42.961131] [32708|1270] ACME: can't get certificate for 'sgv-siegen.de':
Aus einem Reseller-Account hat's geklappt. Jetzt habe ich nur das Problem, dass eine Domain einem Endkundenvertrag im Admin zugeordnet ist. Nämlich unsere eigene, die auch für phpmyadmin, email und LC zugeordnet wird