Das Problem ist leider wirklich äußerst kompliziert - ob man Wheezy oder Squeeze verwendet spielt dabei keine Rolle. Ich stehe mit dem Hauptentwickler in Kontakt, um dem näher auf die Spur zu kommen. Vereinfacht gesagt: mit SQLite ab Version 3.7.15 wurden einige Optimierungen am sogenannten Query Planner begonnen (ein zentraler Bestandteil eines Datenbanksystems). SQLite hat damit zwar spürbar an Performance gewonnen, aber es gibt ganz offenbar einige Fälle, in denen der neue Query Planner schlicht alle Ergebnisse wegoptimiert 
Dabei kommt es nicht nur auf die exakte SQL-Abfrage an (bei dem letzten von uns entdeckten Fehler wurden z.B. durch Verwendung der ORDER-Klausel plötzlich die Ergebnisse weggefiltert), sondern z.T. auch auf intern erzeugte Statistikdaten über die Index-Verteilung.
Deshalb können wir den Fehler hier selbst bislang auch nicht reproduzieren. In unserem eigenen Continuous Integration-System laufen beispielsweise auch automatische Tests zum Anlegen von Domains und Postfächern; dabei ist es bislang noch zu keinem Fehler gekommen.
Da wir aber auch nicht unsere Kunden als Testkaninchen für SQLite hernehmen möchten, haben wir ab sofort einige dieser Optimierungen ("STAT3") vorübergehend deaktiviert. Die Auswirkungen sollten nicht wirklich spürbar sein (wir selber können auch mit größeren Testdatenbanken bislang keinen Unterschied feststellen). Dennoch möchten wir das SQLite-Team in der Fehlersuche unterstützen - schließlich kommt SQLite ja auch in ziemlich vielen anderen Umgebungen zum Einsatz (Smartphones, Browser, usw.).
Eben läuft v1.6.4-r2488 durch die letzten Tests durch, sollte in ca. 30min fertig sein. Sobald wir dann von einem der "betroffenen" Kunden das "OK" bekommen, dass nun alles wieder funktioniert, wird das als offizielles Update bereitgestellt.
Viele Grüße
-Klaus Keppler
