Gibt's schon ("undocumented feature" ;-))
Wenn eine Datei namens ~/conf/nginx.conf existiert, dann wird diese per include mit aufgenommen. WICHTIG ist aber: diese wird in jeden server-Abschnitt (quasi jeden VirtualHost) übernommen - ggf muss man die Einstellungen darin also mit entsprechenden Bedingungen ausstatten.
Dieses Feature ist deshalb undokumentiert, weil die Möglichkeit für eigene Rewrite-Regeln mittelfristig über die GUI gelöst werden soll. Wir möchten das dann so lösen, dass die Regeln in einer "allgemeinen" Syntax erfasst werden und LiveConfig diese dann jeweils für NGINX bzw. für Apache rausschreibt.