Das ist ein nagelneues Feature in LiveConfig. Automatische Problembehebung (Feenstaub und so...).
Spaß beiseite. Die eigentliche Ursache für die o.g. Fehlermeldung ist, dass bei Let's Encrypt für die selben Domains mehrere Aufträge existiert hatten. Ab der ACMEv2-API fasst LE diese Aufträge automatisch zusammen, was bei LiveConfig bis dahin aber zu einem Problem geführt hatte (LiveConfig ging davon aus, dass es sich um verschiedene Aufträge handelte).
In Ihrem Fall werden die offenen Bestellungen einfach abgelaufen (expired) sein, und somit konnten die Bestellungen "ganz normal" (neu) abgearbeitet werden.