Die Auswahl der "richtigen" php.ini ist eigentlich nur eine Sache der vHost-Konfiguration.
Wenn Sie Apache neu von LiveConfig übernehmen lassen möchten, müssten Sie in diesem Fall folgenden SQL-Befehl in der LiveConfig-Datenbank ausführen:
UPDATE WEBSERVERS SET WS_MANAGED=0;
(vorausgesetzt, es handelt sich um eine Single-Server-Installation, also kein LiveConfig-Business mit mehreren Servern)
Danach LiveConfig neu starten, dann auf "Serververwaltung" -> "Web", und Apache erneut verwalten lassen.