In dem ACME-Bericht wird der Eintrag so lange drin bleiben bis er abläuft (Spalte "Expires") - in diesem Fall also bis 12.09.2016. Das heißt aber, dass die Domainprüfung erfolgreich war (bis dahin also nicht erneut geprüft werden muss).
Die Ausstellung eines Zertifikats kann je nachdem was bei LE los ist auch mal ein paar Minuten länger dauern (wir arbeiten bereits an einem ausführlicherem Logging). In diesem Fall wäre interessant, was Ihnen im LiveConfig-Log gemeldet wurde (/var/log/liveconfig/liveconfig.log).
Sie können einfach erneut ein SSL-Zertifikat für diese Domain anfordern - es ist dann keine neue Validierung erforderlich (die "alte" gilt ja noch, LiveConfig merkt sich das). Das Zertifikat müsste dann i.d.R. nach 2-3 Minuten da sein. Falls nicht: bitte nicht gleich wieder löschen!
(Sie können für jede Domain innerhalb von 60 Tagen nur 4x die Zertifikate neu ausstellen!)
sondern weil wir noch viele Rückmeldungen und Nachfragen zu den Änderungen hatten, die wir in Ruhe beantworten möchten bevor wir das Update ausrollen.
Wenn wir solche Funktionen da auch von Anfang an mit anbieten wollten müssten wir deren Preis deutlich erhöhen (schließlich kommt damit ein höherer Supportaufwand, und auch die Entwicklungskosten müssen anders umgelegt werden).