In die /etc/liveconfig/sslcert.pem muss nur das Zertifikat eingetragen werden, welches den Zugriff auf LiveConfig selbst betrifft. Siehe Wiki.
Wenn der Kunde seine SSL-Zertifikate selbst verwaltet, muss man als Admin also nichts weiter machen. Im Vertrag des Kunden muss halt SSL aktiviert sein, sowie die Option dass der Kunde seine Zertifikate selbst verwalten darf. Und in der IP-Gruppe des Webservers muss SSL (ggf. mit SNI) aktiviert sein (Serververwaltung -> Web -> IP-Gruppe bearbeiten).