Dann sollten Sie genau prüfen ,dass sowohl IPv4 als auch IPv6 Adresse korrekt sind.
Kann es denn sein, dass durch den gemeinsamen Ordner der Domains, die Abfrage der zweiten Domain auf das Token der ersten Domain verweist? Also, dass beim Beantragen des zweiten Zertifikats gar kein neues Token erstellt werden kann, da im Ordner schon eins liegt?
nein, diese Dateien werden in virtuellen Ordnern abgelegt, die nichts damit zu tun haben.