Moin,
was heisst per winscp ?? Hast dich auch per SSH oder per FTP eingeloggt ?
Das ist völlig normal und beabsichtigt, dass ein Kunde seine php.ini nicht direkt bearbeiten kann.
(sonst könnte er sich ja beliebig hohe Limits für Arbeitsspeicher, Ausführungsdauer usw. setzen)
Ab der nächsten Version (v1.7.0) können Sie direkt im LiveConfig php.ini-Einstellungen pro Vertrag ändern.
Ansonsten legen Sie ggf. eine Datei namens ~/.php5/php.ini (also /var/www/webXY/.php5/php.ini) an (als Vorlage können Sie ja die Datei ~/conf/php5/php.ini nehmen), passen diese wie gewünscht an, und lassen anschließend im LiveConfig die vHost-Konfiguration des Kunden neu erstellen (z.B. durch erneutes Speichern irgendeiner Domaineinstellung).
Einfach davor den Befehl ausführen:
chattr -i /var/www/webxx/conf/php5/php.iniDanach sollte die php.ini beschreibar sein.
Ja, nur wird diese dann bei der nächstbesten vHost-Konfiguration wieder überschrieben.
Eine "eigene" ~/.php5/php.ini wird von LiveConfig nicht überschrieben.
Eine "eigene" ~/.php5/php.ini wird von LiveConfig nicht überschrieben.
beim Update könnte man vielleicht im Logfile eine Liste aller manuellen ~/.php5/php.ini Dateien ausgeben - eine Integration der Änderungen automatisch ist definitiv zu aufwändig, aber so spart sich jeder für die Umstellung von manuell zu LC einen find-Befehl 
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