Das Problem scheint mir zu sein, dass LetsEncrypt "ISRG Root X1" weiterhin mit ausliefert (neben dem R3), wenn auch als abgelaufen. Da z.B. ältere Android-Geräte das nicht prüfen, ist da die Kompatibilität weiterhin gegeben.
Neuere Clients sollten in der Theorie wenn sie bemerken dass ISRG Root X1 abgelaufen ist auf R3 zurückgreifen, so dass da kein Problem entsteht. In der Praxis passiert das scheinbar nicht in jedem Fall