Hallo Herr Groh,
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So ganz ist das zwar noch nicht mein Freund, da mit VirtualHosts auch spezielle Berechtigungen für eben diesen zu realisieren wären
Das kann man in der RewriteRule-Variante i.d.R. ebenfalls, nur eben mit entsprechenden <Directory>/<Location>-Anweisungen.
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Oh wie ich mir vorstellen kann, wie Sie dieses "aber bei Confixx geht..." annerven muss.
Naja, sooo schlimm ist es zum Glück auch wieder nicht. 
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Aber jetzt das AAABER! Völlig egal ob Confixx oder Plesk oder was auch immer. Irgendwie ist es doch Standard, dass VirtualHosts eingesetzt werden.
Jein. VirtualHosts sind am einfachsten zu konfigurieren (das bekommen also auch die einfachsten Programmierer hin ;)). Einen echten "Standard" gibt es aber nicht. Vor allem sehr große Hosting-Umgebungen (>10.000 Verträge pro Server) werden in der Regel nicht mit einzelnen <VirtualHosts> für jede einzelne (Sub-)Domain arbeiten (s.u.).
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Ebenso werden wohl die meisten Anwendungen, ob nun Open-Source oder Kommerziell, mit dem Grundgedanken entwickelt, die Anwendung läuft auf dem vermeindlichen DOCUMENT_ROOT.
Hoffentlich nicht - da DOCUMENT_ROOT eben nur auf irgendein Starterzeichnis des Webspaces verweist und die Anwendung somit nicht in einem Unterverzeichnis betrieben werden kann.
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Ich würde mich aber freuen, wenn Sie mir noch - nur aus Interesse - erklären könnten, warum Sie keine VirtualHosts einsetzen.
Ausschließlich aus Performancegründen.
Apache prüft bei jedem Reload, ob jedes in "DocumentRoot" angegebene Verzeichnis existiert. Löscht ein Kunde beispielsweise ein Verzeichnis per FTP, das gleichzeitig noch im LiveConfig als Startverzeichnis für eine Subdomain konfiguriert war, würde Apache hierfür dann eine WARNING bringen (was bei einer Subdomain noch egal sein mag, bei hunderten oder tausenden aber schon lästig wird).
Um aber herauszufinden, ob ein Verzeichnis existiert, ist ein sog. stat()-Aufruf notwendig. Wenn die Webspaces nun z.B. auf einem vergleichsweise langsamen NFS liegen, kann es eine beträchtliche Zeit dauern, die Apache nur mit tausenden stat()-Aufrufen beschäftigt ist - in dieser Zeit werden keine HTTP-Anfragen verarbeitet. Zudem findet ein Reload der Konfiguration relativ häufig statt (jedes mal, wenn an irgendeiner Subdomain-Konfiguration irgendwas geändert wird) - daher sollte der Reload also möglichst flott ablaufen.
Wenn man beispielsweise 500 Kunden mit durchschnittlich 5 Domains auf einem Server betreibt und jede Subdomain als VirtualHost konfigurieren würde, dann wären das bis zu 5000 <VirtualHost>-Einträge (500 Kunden * 5 * 2 (mit/ohne "www")).
Beim Apache-Reload also 5000x stat().
Mit LiveConfig sind das 500x stat() - wir können also sagen "Ein mit LiveConfig konfigurierter Apache startet bis zu 95% schneller" 
(Apache kann man ab Version 2.2.17 auch mit der Option -T starten, welche den DocRoot-Check überspringt - in Debian Squeeze ist aber nur Apache 2.2.16 verfügbar).
Verstehen Sie also unsere Motivation für die so erzeugte Konfiguration?
Prinzipiell besteht immer die Möglichkeit, die zuständige Funktion in der apache.lua auszutauschen und tatsächlich für verschiedene Sudomains einzelne <VirtualHost>s zu erzeugen, ohne dass man hierzu in LiveConfig selbst irgendwas ändern/anpassen müsste. Wir sehen aber (derzeit?) keinen Vorteil darin.
Viele Grüße
-Klaus Keppler