mit dem Update heute auf LiveConfig 3.0.3 (16481) wurde bislang nichts an der Dovecot Struktur unter /var/mail/ wieder zum Urzustand verändert.
Das dürfte nur dann der Fall sein, wenn Sie die Preview-Version vom Wochenende installiert hatten. Beim heutigen offiziellen Release (3.0.3-r16481) haben wir das "Aufräumen" der Maildir-Verzeichnisse erfolgreich getestet.
Im (nur!) diesem Fall ändern Sie in /etc/liveconfig/sysconfig den Wert für LC_CFGVERSION von 61 zurück auf 60 und starten LiveConfig noch mal neu.