Dann vermute ich mal, dass das in den php.ini-Einstellungen so eingetragen ist:
Das Problem ist: wenn "Änderbar" auf "Account" steht, dann wird die Einstellung bei PHP-FPM mit php_admin_value erzeugt - und die kann dann nicht durch's Script (Roundcube) geändert werden. Stellen Sie das auf "Benutzer" um, dann kann sowohl der Benutzer in seinen php.ini-Einstellungen das ändern, als auch das Script.
Von LiveConfig kommt diese Einstellung übrigens nicht, zudem ist die schon stark beschränkend (PEAR-Erweiterungen etc. werden da nicht gefunden).