Interessant... die Spalte PERMISSIONS.P_ID hat üblicherweise die "auto_increment"-Property.
Wir haben eben mal ein Upgrade auf einem Debian 13 mit MySQL durchgetestet und hier keine Probleme feststellen können.
Können Sie noch nachvollziehen, wie seinerzeit die Umstellung von SQLite auf MySQL erfolgt ist? Das mitgelieferte MySQL-Datenbank-Schema enthält auch auto_increment für die PERMISSIONS-Tabelle.