Das ist völlig normal und beabsichtigt, dass ein Kunde seine php.ini nicht direkt bearbeiten kann.
(sonst könnte er sich ja beliebig hohe Limits für Arbeitsspeicher, Ausführungsdauer usw. setzen)
Ab der nächsten Version (v1.7.0) können Sie direkt im LiveConfig php.ini-Einstellungen pro Vertrag ändern.
Ansonsten legen Sie ggf. eine Datei namens ~/.php5/php.ini (also /var/www/webXY/.php5/php.ini) an (als Vorlage können Sie ja die Datei ~/conf/php5/php.ini nehmen), passen diese wie gewünscht an, und lassen anschließend im LiveConfig die vHost-Konfiguration des Kunden neu erstellen (z.B. durch erneutes Speichern irgendeiner Domaineinstellung).